转盘萃取塔在工业生产应用中也有一些限制，例如：
一、当萃取平衡级数很少（小于2级）时，用混合澄清槽更经济。对萃取平衡级数很多（多于10级）的体系，也不合适。
二、对界面张力很低或两相密度差很小的体系，转盘萃取塔的搅拌会导致体系乳化或大大降低生产能力，这种类型的体系就是转盘萃取塔在工业生产应用中的限制。
三、液体在转盘萃取塔中的停留时间比较长。对于不稳定的体系，在此萃取温度下会发生降解。此时应选择停留时间较短的设备，例如离心萃取器。
四、对于开车和停车频繁的工厂，由于每次都要重新建立转盘萃取塔内液-液的平衡，费事费力，不如选用其他逐级萃取设备（如混合澄清槽或离心萃取器）。
总而言之转盘萃取塔在工业生产应用中的限制是其能力范围的一小部分，在工业生产中转盘萃取塔仍然有着其不可代替的地位。
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