目前很多医药企业在进行原料药有机合成时会采用离心萃取机溶剂萃取法进行中间体的反应萃取，以及水洗工段的操作。原料药的生产是一整套的工艺，发酵-提取-加中间体反应-萃取-水洗-提纯等多个工段，离心萃取机主要用于萃取和水洗段。
拿头孢类抗生素举例，在头孢克肟生产过程中，首先进行发酵，得到母核，选择相应的中间体与母核进行反应，得出反应液，选择合适的萃取剂，将萃取剂与反应液按照一定相比分别从不同入口注入离心萃取机，借助转鼓的旋转，通过涡轮盘和叶轮使两相快速混合和分散，两相溶液得到充分的传质，完成混合传质过程。混合液再经过转鼓离心力的作用完成两相分离并排出机体。后续水洗工段依然可采用离心萃取机，将萃取后的有机相进行水洗，除杂，然后继续反应-萃取-水洗，直到得到最终原料药产品。
离心萃取机在医药原料药的生产加工中应用比较广泛，主要是离心萃取机在萃取和水洗段操作方便，萃取效率高，且级存流量少，因为此类产品一般为多级连续萃取。离心萃取机相较于传统萃取设备，占地面积小，综合投入成本低，因此，在医药萃取行业发展前景可观。
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